Dediğinize katılıyorum. ioncube gui'nin ileri düzey restricition ve obfuscation seçenekleri var bunları kullanmak lazım.
Ayrıca decoderler ne kadar çözse de noktalı virgül ve değişkenlerde, if koşullarında ufak söz dizimi hataları (syntax error) bırakıyor ve decodeden sonra programlarla uygulanan phpfix işlemi %100 kodları düzeltmiyor, kodlar ne kadar karışık hale getirilirse decodeden sonrada sistemi çalışabilir hale getirmeyi zorlaştırmış oluyoruz.
Kısaca ileri düzey seçeneklerle birlikte scriptteki her dosyada include edilen ne kadar çok kilit dosya şifrelenirse decode edilip çalıştırılma olasılığı %0 olmasa da baya bir düşecektir diye düşünüyorum. Amaç decode eden kişiyi bezdirip vazgeçirmek
Son zamanlarda en çok gördüğüm bezdirme yöntemi değişkenlere random isim verme. Örneğin lisans,key,site,domain vs gibi değişkenleri $sdkdlsaa gibi random karakterlere kodluyorlar. Gelde yazılımcının ne düşündüğünü düşün