Yükseltme işlemini yenniden şuraya bakarak yapmanızı öneririm:
http://forum.joomla.org/viewtopic.php?t=793171

2.5->3.x yükseltmesi genellikle büyük problem değildir ama bazen çözülemeyen sorunlar oluşabilir. Her şeyin sorunsuz tamamlandığından emin olmadan asla yolunuza devam etmeyin, sonradan düzeltmeniz çok daha zor olur.