Tek başına my.cnf ile mucize yaratamassınız maalesef, my.cnf ta yapacağınız ayarlar sadece düzenli sorguları cache eder, scriptinizin sorguları ağır ise, bol miktarda sleep sorgular dönüyorsa my.cnf taraflı yapacağınız şeyler işe yaramayacaktır.

Öncelikle mysql cpu kullanımı yükseldiğinde phpmyadminden dönen sql sorgularına göz atınız. Buna göre çıkan sorguların hangi eklenti yada scriptin hangi kısmında üretildiğini yorumlayabilirsiniz.