gittiğiniz yol için çözümü bulmuş olmanız güzel. kullan20 içerisinde açılan em tagını ssem şeklinde değiştirmişsiniz fakat kapanışları değiştirmemişsiniz.

özellikle öyle bırakmadıysanız ki umarım bırakmamışsınızdır, orayı da bir kontrol etmenizi öneririm.

$out = str_replace(array('</blockquote>', '</em>'), array('', '</semm>'), $icerik);
$out = preg_replace(array('`(<blockquote)([^\w])`i', '`(<em)([^\w])`i'), array("", "<semm$2"), $out);
şöyle de yapılabilir.

kolaylıklar.