Merhaba,
Rica ederim sorununuz çözülürse ne ala.
Verdiğim htaccess'i test ederseniz sadece istediğiniz şekilde ajax.php 'ye erişilebilir. Diğer tüm dosyalarda Forbidden alırsınız.

Bu şekilde uzantı girmenize gerek yok yani. Sadece ajax.php çalışır haricinde engellenir zaten istediğiniz de buydu yanlış anlamadıysam.

php ile birlikte başka tipler de yasak olsun fakat ajax.php hariç tutulsun istiyorsanız da kullandığınız match altında özel olarak o durumu belirtebilirsiniz.

<FilesMatch \.(pl|php|php1|asp|aspx|php2|js|txt)$>
Order allow,deny
Deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "ajax.php">
  Allow from all
</FilesMatch>

bu şekilde.

kolaylıklar.