işi yapan bi php hazırlayıp crontab'a ekleyebilirsiniz.

şuna benzer bi shell script hazırlayıp bunu crontaba ekleyebilirsiniz.
#!/bin/bash

mysql --user=[username] --password=[password] --database=[db name] --execute="update tablo set falan=filan"

ya da en mantıklısı gibi gözüken ; http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...ate-event.html şunu kullanabilirsiniz.

SET GLOBAL event_scheduler = ON;
CREATE EVENT ON SCHEDULE EVERY 12 HOUR
STARTS '2015-12-11 00:00:00'
DO UPDATE tablo SET falan=filan;

gibi.

zaman içinde bu "zamanlı ihtiyaçlar" artacaksa bi php hazırlayıp onu crona eklemeniz daha makul olabilir. php diğerlerinden daha kolay gelecektir nihayetinde.

kolaylıklar.