php ile binary işlemleri yapabilirsin ama bu işlemi neden php ile yapman gerekiyor bunu değerlendirmelisin bence. sunucu taraflı betik dili ile bu işlemi yapmak mantıklı gelmiyor. ille yapacağım dersen fopen fwrite file_get_contents vs.. örnekler bulabilirsin.

mesela şöyle bir örnek kod yazayım:

$dosya = fopen("dosya.exe", "wb");
fputs($dosya, $data_1 . $data_2);
fclose($dosya);