tüm klasörleri 755 yapmak için,

for i in `find . -type d`; do chmod 755 $i; done

tüm dosyaları 644 yapmak için,
for i in `find . -type f`; do chmod 644 $i; done

sadece php uzantılı dosyaları 644 yapmak için,
find . -type f -name '*.php' -print0 | xargs -0 chmod 0644

Not: komutları sitenin dizinine girerek uygulayın veya find . kısmını find /home/user/public_html gibi değiştirin.