Öncelikle ram yetmezliğinden dolayı bu sorunu yaşıyor olabilirsiniz.

free -m ile işlem sırasında kullanılan/kalan ram miktarlarını görebilirsiniz.

Sorunun çözümü için nginx konfigürasyon dosyasından,

fastcgi_read_timeout

değerini yükseltip nginx'i yeniden başlatırsanız düzelmesi gerek.