/etc/my.cnf içerisinde wait_timeout değeri varsa artırmanız ve mysqli yeniden başlatmanız halinde düzelecektir muhtemelen.
Dosyanın içerisinde belirttiğiniz değer mevcut değil hocam. Eklemeli miyim?
[mysqld]
bind-address = 0.0.0.0
skip_name_resolve
local-infile=0
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0
[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid