Çok derinlemesine girecek şekilde anlatmak için vaktim yok ancak aşağıdaki gibi bir yapınız olmak zorunda bu tip bir büyüme yapabilmeniz için.

Client -> Login/Proxy Sunucuları -> Oyun/Fizik motoru sunucuları -> DB sunucuları

Burada gördüğünüz üzere Logi/Proxy sunucuları tüm mesajlaşma (normal mesajlarşma değil sunucu arasındaki API ve XML sorguları), giriş ve dağıtım işini yükleniyor. Bunu kendiniz de yazabilirsiniz yukarıda bahsettiğniiz gibi Azure veya AWS'den Route53+SQS+SNS+Autoscaling hizmeti alabilirsiniz.

Oyun sunucularında exe çalıştırabilirsiniz sorun yok. Bahsettiğiniz korku sanırım bir exe değiştiğinde ne olacak konusu. Emin olun bu dert edeceğiniz en son şey olmalı online bir oyunda. Çünkü kendi içinizde kuracağınız bir Git sunucusu ile bile exe değişikliklerini anında birden fazla suncuuya aktarabilirsiniz. Detaylı araştırma için anahtar kelimeler: "push to deploy with git", "deploying with capistrano", "continuous integration"

DB sunucuları ile ilgili detay verememe gerek yok sanırım pek fazla ekstra bir şey yok bağlantı, cluster ve optimizasyon yapıldıktan sonra.

Sizin kafanızda hala bir adet master sunucu olsun diğerleri slave olsun mantığı var bu yanlış bir büyüme şekli. Sunucular gruplar halinde bir sunucu ağını oluşturmak zorunda (grid computing örneklerine bakabilirsiniz). Master dedğiniz kısım ise Login/Proxy sunucuları gibi değerlendirilebilir ve tüm kontrolü bu sunucular yapacaktır oyun içerisinde. Yani tek master sunucu mantığına kıyasla daha tercih edilebilir bir yönetim şeklidir.

DDos konusuna gelince her türlü mimaride ddos almanız kaçınılmaz benim bahsettiğim yapıda da olsun master-slave yapısında da olsun fark etmez. Bu tartışılması gereken farklı bir konu öncelikli olarak nasıl büyüyeceğinize odaklanın bence.