Öncelikle ne istediğinizi doğru bir şekilde anlayalım.

Siz php kullanarak bir exe dosyasının içerisine bir txt dosyası gömebilir miyim diye soruyorsanız bunun cevabı evet. Php kullanarak bir exe içerisine başka bir dosya gömebilirsiniz, bu dosya işlemleriyle ilgili bir konudur, server side client side vs. bununla hiç ilişkili değildir.

Siz exe dosyasını php gibi kullanabilir miyim diye soruyorsanız, bunun cevabı da evet. Cgi bu işe yarar.

Php dosyasını bir exe gibi çalıştırabilmekten bahsediyorsanız, bunun cevabı da evet, tıkla çalıştır şeklinde php dosyasını kullanabilirsiniz.

Sorunuzun cevabını aldığınızı umuyorum. Yapılamayacak bir şey yok.