merhaba,
css'iniz şu şekilde mi tam bilemiyorum ;
.menu ul ul{
display:none;
}

fakat kodlarınızı şöyle denerseniz sanıyorum sorun çözülecektir.

$(document).ready(function () {
    $(".menu li").hover(function () {
        $(this).children("ul").slideToggle();
        if ($(this).next("ul").css("display") == 'none') {
            $(this).next("ul").slideToggle();
        }
    });
});

a'dan değil de li'den ilerlersek li içindeki ul üzerindeyken de toggle işler.

kolaylıklar.