Hata çok nadir mi geliyor yoksa geldiğinde yenileye bastığınızda yine aynı hatayı aldığınız oluyor mu?
Eğer öyle ise root'dan mysql 'e geçip show processlist; ile mevcut process'lere arka arkaya bir bakın. kodlamanızı bilmediğimiz için php tarafında nasıl bir hata yaptığınızı söylemek güç. Döngü içinde sorgu kullanımı gibi hatalar yapıyor olabilirsiniz. processlist'deki PID artışı size ipucu verir en azından.

exception aldığınız için de max_allowed_packet boyutunuza da bir bakın muhtemelen hatalı kodlamalardan mütevellit config problemi yaşıyorsunuz. ram durumunuza göre 10M 15M 100M ayarlarsınız.

Kolaylıklar.