fopen yapılan değişkene str_replace uygularsanız tabiki yapılan replace uygulanmaz çünkü fopen sadece dosyayı açıyor içindeki veriyi almıyor
yada veriyi

$dosya = file_get_contents('txt.txt');
$dosya = str_replace(array("\n"),array(""),$dosya);

not: file_get_contents ile txt dosyasının tamamı memory e alınmış olur. bu yüzden memory hatası alınabilir. ini set ile kullanılan memory limitini arttırmanız gerekebilir.