Bana soracak olursanız hiç ftp ile uğraşmayın kolay gibi gelsede doğru şekilde yazılmış bir resim upload sınıfı ile hem performans sağlarsınız hemde tüm resimlerinizi tek seferde yüklemiş olursunuz. Manga okuyan birisi olarak şunu tavsiye ederim.

Mangaları bir tabloda tutun ;

One piece
Naruto
Death note

Küçük bir betik yazarak ;

Manga ismi -> selectbox
Bölüm sayısı -> İnput

şeklinde 2 alan oluşturun ve resimleri multi upload ile gönderin. Resimler upload edilsin multi uploaddan dönen dizilerdende isimleri veritabanına işleyin. En basit manga okuma mantığı bu şekilde kurulur tabi aklımdakileri tam olarak yazıya dökememiş olabilirim ama yükleme kısmını düz mantık bu şekilde kurabilirsiniz. 1 mangayı yüklemeniz bağlantı hızınıza bağlı 1 dakika sürecektir.

Okuma kısmındaki json sorunuz için de eğer hitleriniz çok çok yüksek olmayacaksa zaten bu kadar küçük bir sorgu sizi yormaz velevki sıkıntı çıkartacak olursada tavsiyem sql cache tarzı bir class kullanın sorgu 1 kere çalışıp kalan işlemlerde dosya üzerinden gerçekleşsin sorunsuzca kullanırsınız.