Aklıma gelen bir kaç fikir var.
Fonksiyon olarak örneklerle yapalım.
Örneğin numaraları sınıflara ayırarak farklı fonksiyonlarda çalıştırarak yapılabilir.

<?PHP
Function duzenle($text){
$gelenkod		= array('+90'); //* Değiştirmek istediğimiz kod *//
$degisenkod		= array(' '); //** Değişen kod **//
$yenikod		= str_replace($gelenkod,$degisenkod,$text);
return $yenikod;
}

?>

Numaraları alacağın yere +9 ifadesini de ekleyerek fonksiyon ile bunu temizletebiliriz. +9'u ayraç gibi kullanıcaz.

Fonksiyonu da şu şekilde çalıştırabiliriz sanırım.

$telefonno= duzenle($sifirlinumara);