merhaba,
anlatımınız biraz karmaşık fakat ne istediğinizi tahmin ederek şöyle yanıt verebilirim.

html'inize form'u submit edecek bir düğme ekledim. erişmek için de id'ler ekledik.

<form id="form" action="" method="post">
<input type="text" name="sayi1" id="sayi1" disabled="true" value="5" /><BR />
<input type="text" name="sayi2" id="sayi2" value=""/><br />
    <input type="submit" value="gönder">
</form>

jquery kullandım yoksa eklersiniz.

$(function(){
   $("#form").submit(function(){
      
       
       if(parseFloat($("#sayi2").val()) < parseFloat($("#sayi1").val())) {
           var a = confirm("sayı 1 büyük devam edilsin mi?");
       }
       else if(parseFloat($("#sayi2").val()) > parseFloat($("#sayi1").val())) {
           var a = confirm("sayı 2 büyük devam edilsin mi?");
       }
       else {
          var a = confirm("eşitler devam edilsin mi?"); 
           
       }
       if(a!=true) return false;
       
       
   });
});

sayı 1e müdahale edilemesin demişsiniz. disabled ile çözdük. bu form submit olunca ne olacak bilmiyorum. eğer sayı 1 mühim ise inject ederek müdahale edebilirler. onu submit kısmında ayrıca kontrol edersiniz.

iyi çalışmalar.

edit : debug için => http://jsfiddle.net/d541h3mp/