yüksek olasılıkla kullandığınız programdan kaynaklanıyor. enter yerine carriage return kullanmayı dener misiniz . ALT + 013 ile koyabilirsiniz.

kaynağa bir bakın işinizi görüyorsa kodlarken enter yerine onu kullanırsınız. belki programın ayarlarında bununla ilgili bir şey vardır hiç kullanmadım. notepad++ gibi rahat çalışan bluefish'i önerebilirim. o da açık kaynak kodlu.

edit: bir de filezilla kullanıyorsanız winscp vs. ile ftp bağlanıp göndermeyin deneyin. filezilla'dan da kaynaklanıyor olabilir bazı ftp client'ler gönderirken temizlik yapıyor diye hatırlıyorum.
edit2: bug reporting'de

IF: a file with CR-only line endings is uploaded
FROM: a windows client
TO: a linux server
THEN: the transmitted file will only feature CRs, which will be deleted
RESULTING: in a file with no newlines

demişler. filezilla kullanıyorsanız dediğim gibi winscp ile gönderin.o da yine açık kaynak kodludur.

kolaylıklar