Çok fazla log tutulduğundan eğer sunucunuzda limitleme var ise log tutmayı kısıtlamış olabilir.
Sunucu veya php.ini dosyasının içerisinde yer alan max_input_vars değerinde yükseltme yaparak dener misiniz ?
Olmadı whmcs Cleanup Operations seçeneğinde eski kayıtlarda temizleme yapabilirsiniz.

Saygılar.