Anladığım kadarıyla functions.php yi şifrelemezsek veya functions.php decode edilirse temayı alan kişi lisans bağlantısını rahatlıkla silip temayı full olarak kullanabilir. İllegal kullanım vs. gibi uyarılarda bu durumda gelmeyecektir herhalde.
Bu durumda da sistem functions.php de wp tema kurulum adresi ile karşılaştırmaktan ve buna göre temayı çalıştırmaktan fazla bir nasıl bir koruma sağlayacak? Olay functions.php yi korumakta diye düşünüyorum.