group by unique key'lerde biraz anlamsız. bilmiyorum stok_kodu tablonuzda unique mi?
kalan'ı anlayamadım. girişlerin toplamı - çıkışların toplamı sonucunu mu arıyorsunuz yani ?

SELECT sum( miktar ),islemtipi FROM `stok_har` GROUP BY islemtipi

şeklinde iki grup için toplamları alıp kullanacağınız yerde iki sonuç satırının farkını alabilirsiniz.

ya da alternatif olarak şöyle bir şey de olabilir
[code]
select sum(miktar) from stok_har where islemtipi = 'G' into @g;
select sum(miktar) from stok_har where islemtipi = 'C' into @c;
select @g-@c;

tablo yapınızı bilmediğim için işlem sürelerini test eder uygun olanı kullanırsınız.
kolaylıklar.