Tedbiri elden bırakmamak için cdn.site.com 'un kaynak koduna add_header Link "<$scheme://www.ANASITE.com$request_uri>; rel=\"canonical\""; ekleyerek işi sağlama almak lazım o halde

canonical etiketi kullanmadım daha önce tşkler.
Kaynak kodu değil hocam, nginx conf dosyasına.. cdn.site.com.conf olur nginx/conf/conf.d/ klasoru içinde.
Hatta Daha sonra Header sonucunu incelemek içinde :
curl -I
http://cdn.site.com/asd.js 'nin header çıktılarını incelemek lazım..
yada Chrome'dan dosyayi cekip network üstünden-> Headers -> Response Header içinde link dönüşünü incelemek lazım.