Konuyu okuyacak başka arkadaşların da yararlanması için yazıyorum;
sebebini açıkçası bilemiyorum ancak arka arkaya insert komutlarını aynı sorguda yapamıyoruz. yalnızca ilki çalışıyor.
bunu yapabilmek için bir şart ifadesi ya da başka bir döngü döndürmek gerekiyor.

bu şekilde hata mesajını da yazdırabilirsiniz bu arada.

$sql = "INSERT INTO makinabakimdetay (bakimid,malkodu,miktar,netfy) VALUES ('$id2','$mal', '$miktar','$netfy')";
if (mysql_query($sql))
{
    continue;
}
else
{
    echo mysql_error().'<br />';
}