Enteresan bir durum;
Silinip geri gelmesi yerine, zaten hiç silinmiyor olabilir mi? Ayrıca bu bahsettiğiniz dosya ve klasörlerin kullanıcı sahibinin kim olduğuna dair sağ tarafta bir isim yazar bu sizin cPanel kullanıcı adınızla aynı mı?
sorunu hallettim sayenizde bana izin yokmuş root olarak açılmış klasörler yani bende siliniyordu geri geliyordu root olarak giriş yaptım silindi =)