Gönderdiğin dosya isimlerini bir array dizisi içerisine atarsın uploaddan sonra;

$kac_tane = count($array_dizisi);

Dediğinde array dizisi içerisindeki obje sayısını sana verecektir daha sonra;

ister foreach ile dilersende for fonksiyonu ile mysql_insert yapacaksın. Hemen for ile bir örnek;

$say=0;
for ($i=0; $i < $kac_tane; $i++) {
 $query="insert into values(NULL,'".$array_dizisi[$i]."')";
 mysql_query($query);
 $say++;
}

echo "Mysql tablosuna toplamda ".$say." adet bilgi girilmiştir.";

gibi.