Şimdi mesaideyim o yüzden detaylı anlatamıyorum ancak müsait olunca görsel bir şablon ile seve seve anlatırım.

Ancak şimdilik basitçe söylemek gerekirse;

farzedelik ogrenci adında bir controller açtık.
siteadresi.com/ogrenci linkine gidildiğinde bu controller çağırılmış olur.
application/controllers altına Ogrenci adında bir controller yazıp, index() fonksiyonuna da echo 'ogrenci controlleri girisi'; yazarsanız ekrana bunu yazacaktır. Hayırlı olsun ilk controller dosyanızı yazmış oldunuz.

ingilizceniz varsa http://www.codeigniter.com/user_guide/ bu adreste her şeyi çok detaylı şekilde açıklıyorlar.
ingilizceniz yoksa da codeigniter.gen.tr adresinde çok daha detaylı açıklamalar mevcut Türkçe olarak.