Bende şu sıralar Codeİgniter ile ilgileniyorum, hali hazırda var olan scriptleri editleyerek/kurcalayarak yapıyı öğrenmeye çalışıyorum.

Benim gördüğüm sistemlerde header,php, footer,php, sidebar,php gibi bileşeneler application/view/klasör oluştur buraya at.

Tabi yukarda arkadaşların dediği gibi sisteme entegre etmen lazım.