<?php 
$dosya = "deneme.html";
$dosyaac = fopen($dosya, "r") or die("Dosya Bulunamadı!");
$dosyaverisi = fread($dosyaac,filesize($dosya));

preg_match_all('@<header>(.*?)</header>@si',$dosyaverisi,$headerveri);

$header = "
Buraya header kodlarınız
";
$degisenveri = str_replace($headerveri[1][0],$header,$dosyaverisi);
echo $degisenveri;
@ftruncate($dosyaac, 0);//dosyayı sildik
fclose($dosyaac);//dosyayı kapadık
$dosyayaz = fopen($dosya, "w") or die("Dosya Bulunamadı!");
rewind($dosyayaz);
fwrite($dosyayaz, $degisenveri);//tekrar yazdık
fclose($dosyayaz);//dosyayı kapadık
?>

Hocam bende html5 tasarım kullanıyorum ama üst alt diye niye ayıramadın anlamadım. Bence düz hesap php ile ayırmaya devam et. Şuan ben o şekilde çalıştırıyorum. Sayfanın üst kısım kodlarını kes ust.php diye bir dosyanın içine kaydet. Daha sonra sayfanın içine

<?php include("ust.php"); ?>

yap tamamdır.

pek stabil olurmu bilmem ama <iframe src="header.html" width=450 height=400 src="ana.html" scrolling="no" frameborder="0"></iframe>