Zaten sms ile onaylatıyorsan sıkıntı bitmiştir. Büyük olasılık whmcs sistemin konuda gördüğüm kadarıyla whmcs ile çoğu cpanel işlemleri yapılabiliyor.
Fakat kendi panelin için istersen şöyle bir yol izleyebilirsin.
Sana örnekle şöyle bir açıklama yapayım. Ücretsiz bir web panel olan vesta cp api'sine "https://vestacp.com/docs/api/" buradan bakabilirsin.
Yazacağın web panele bir api eklersin oradaki mantıkla gerekli değerleri kullanıcı adı ve şifre'yi php için curl diğerleri için http isteğiyle gönderirsin ve yapmak istediğin işlem yapılmış olursun...
cPanel çalışmaktayım. Oluşturduğum .pl dosyasını SMS sistemimden göndereceğim değişken ile server üstünde çalıştırma olayında halen sıkıntılıyım yoksa .pl dosyası ve sms sistemim okey.

--R10.NET; Flood Engellendi -->-> Yeni yazılan mesaj 16:28:44 -->-> Daha önceki mesaj 16:22:11 --
Ekleme:
Şöyle bir şey buldum
http://php.net/manual/en/function.ssh2-connect.php