Sistemin ne bilmiyorum ama blog veya benzeri bir sistem ise sidebar a yada tekil yazılarada eklemeni öneririm. Çünkü kullanıcılar genelde anasayfaya değil direk konunun içine geleceği için reklamlar ozaman amacına ulaşacaktır. Yani tüm sayfalarında gözükecek bir yere yerleştir.