MySQLi nin de akibeti belirsiz, hemen hemen aynı olsalar da bazı fonksiyonları MySQLden farklı. PDOyu ben de tavsiye ederim, php6 ile MySQL desteğinin sona ereceğini öğrendiğimden beri projelerimde PDO kullanıyorum, PDO phpnin kendi veritabanı sınıflarını kullanıyor o yüzden php var olduğu müddetçe PDOnın sıkıntı yaşatacağını sanmıyorum.