tam olarak hata verdiği yeri de yazsaydın.. Ama büyük ihitmal Count dan geliyordur çünkü where ile yaptığın sorgu null dönmüşse, null olan bir nesnenin count unu alamazsın haliyle..

şu şekil yapabilirsin kodunu

StarDocsContext db = new StarDocsContext();
int senderID = Convert.ToInt32(Session["UserID"]);

var alici= = db.Message.Where(i => i.AliciUserID == senderID && i.isRead == false);

if(alici!=null)
ViewBag.inboxCount = alici.Count();

var settings = db.General.FirstOrDefault(f=>f);

 if(settings != null)
 {
  ViewBag.MetaTitle = settings.SiteTitle;
  ViewBag.MetaDescription = settings.SiteDesc;
  ViewBag.MetaKeywords = settings.SiteKeyw;
 }