location.href hemen çalışan bir koddur, location.href'ten sonraki kod sayfa değiştiği için haliyle çalışamayacaktır. Bunun için yönlendirmeyi 1 saniye geciktirebilirsiniz.

<a href="javascript:void();" onClick="if(confirm('Çıkış yapmak istediğinizden emin misiniz?')){setTimeout('location.href=\'uyeislemle ri.asp?islem=cikisyap\';',1000);logout();}" class="logout" title="Çıkış">Çıkış Yap</a>