Öncelikle para birimlerinizi kontrol edermisiniz ? ordaki hangi para birimini kullanıyorsunuz bir bakın.
sonrasında

SELECT *  FROM tblpricing 
WHERE
type = 'product' AND 
currency = {parabirimi id niz} AND 
relid = {ürünün id si}

şeklinde bir çalıştırın çift kayıt varsa yedek alarak silin.

eğer optimize ve repair yapmak istiyorsanız şu sorguları uygulayın.

OPTIMIZE TABLE  `tblcurrencies` ,`tblpricing`;
REPAIR TABLE  `tblcurrencies` ,  `tblpricing`;
ANALYZE TABLE  `tblcurrencies` , `tblpricing`;

400 mb veritabanım demişsin muhtemelen tblactivitylog şişti.
SQL hataları veya debug hataları mı çok incele derim.

Dipnot: 6.0 a geçiş yapmak için acele etmeyin. Özel addon , servermodülü registrar yaptırdıysanız hele hele tema yaptırdıysanız saç baş yolarsınız.