Yanlış anlamadıysam soruyu, htaccess ile yapabilirsin

RewriteRule ^download/([a-z0-9-_]+)$ user/download.php?file=abc.pdf

site.com/download/abc.pdf görünür user/download.php'ye yönlenir. Download.php'ye istediğin yerden çekersin dosya ismine göre