HTML'de calısıp WHMCS üzerinde calısmıyorsa biryerlerde hata vardır header.tpl'de js kodu giriyorsanız bunlar {literal} {/literal} içinde girmeniz gerekmetekdir
header.tpl de <head> 'a include ediyorum js dosyalarını. Diğer açık <script> 'leri literal içine aldımda bunları almadım. -ki bunları alsamda bu sefer templates/{$themes} olarak kalıyor dizin adı