Tam olarak sorunu göremedim ama şun söyleyeyim ben 301 yaptığımda 1.sitemin yedeklerini alıp 2.sitemde yedeklerimi geri yükledim ve o şekilde 301 yaptım. Her iki sitenin de wt doğrulanmış olması gerekmekte ilk aşamada. Sonra 301 htaccess kodlarını eklemen gerek. İndex.php ile yönlendirme yapmayın veri kaybına uğrayabilir siniz. Direk 301 sorununuzu halledin derim.