require_once "anasayfa.php" da olması gerek ama asıl kullanım aşağıdaki gibi olmalıdır kanımca
<script type="text/javascript" src="anasayfa.php"></script>
require_once dendiği zaman önceki sayfadaki header kodu bu sayfa için geçerli olur ve çağırıldığı sayfa javascript dosyası gibi yorumlanır.
ikinci verdiğiniz örnek gibi çağırılmalı.