Konuyla ilgili olarak sorununuz çözülmediyse yardımcı olabilirim.

Custombuild 2.0 da yeni özellikler mevcut kendim kullandığım bir konfigürasyon önerebilirim.
Directadminde genelde centos ve debianlarda my.cnf içi boş gelir bir kaç bir şey olur .

nano /etc/my.cnf altında bulabilirsiniz.
Fakat ekstra konfigürasyondan ziyade DirectAdmin kendi inşa sistemi gerekli optimizasyonu zaten yapıyor cıla işlemleri daha başka bir boyut.

Yazma izinleriyle ilgili eğer custombuild 2.0 ve apache kullanıyorsanız muhtemelen mod_ruid2 aktif değildir aktif edip denerseniz sorununuz çözülecektir.

DirectAdmin de uzmanlığım mevcut yardımcı olabilirim.