silinmez. hatta plugini silsen bile (çoğu plugin için konuşuyorum hepsi değil) ayarlarını datavase den silmez. hele ki deaktif etmenin hiçbir zararı yok. deaktif ettiğinde sadece o pluginin çağırdığı dosyaları çağırmamış oluyorsun. database de tüm ayarların sabit durduğu için deaktif etmen ayar bozmaz. ama deaktif edip o pluginin etkilediği şeleri değiştirip tekrar aktif etttiğinde bir sıkıntı çıkarmı o plugine bağlı. sadece multisiteye geçiş yapıcam diyosan sıkıntı olmaz. multisiteyle ilgili başka sorun olursa yazabilirsin.