Joomla 2006'dan beri kullanıyorum, güncellemeler takip edildiği sürece hiçbir sorun çıkmıyor.

Muhtemelen ne Joomla ne de Hosting'te bir hata yok...

Ftp veya admin girişi yaptığınız bilgisayarı taratın muhtemelen bilgisayarda virüs vardır veya eklentilerden birinden kaynaklanıyor sorun.