<?php
$pop[1] = "<script> POP KODU 1";
$pop[2] = "<script> POP KODU 2";
$pop[3] = "<script> POP KODU 3";
$pop[4] = "<script> POP KODU 4";

$popup = rand(1,4);

echo $pop[$popup];
?>

Farklı pop-up scriptleri oluşturarak PHP ile en basitinden bu şekilde yapabilirsin. JS ile yapmak istiyorsan mantık farklı.