404 sayfası mutlaka oluşturmanızı öneririm. Çünkü 404 sayfalarını takip ederek ilgili sayfalara yönlendirebilirsiniz.

Canonical'ı .php'siz sayfanıza verip vermemek tamamen tercih meselesi ama arama sonuçlarında canonical verdiğiniz URL gözükeceği için uzantısız olması daha temiz bir görünüm ve tıklama oranı sağlayabilecektir.