1)Hosting'e sızılmış olabilir.
2)Bilgisayarınız'a sızılmış olabilir.
Başka bir açıklaması olamaz, bence hosting kaynaklı bir problem.
Bence de hosting kaynaklı.
hosting ile ilgili bir sorun bu.
diğer türlü virüs atacakta pc nize ftp ye girecekte bu kadar uğraşmaz yani

hostinginiz paylaşımlıdır , bir shell atar ,shellden geçiş yapar.
...
ftp üzerinden girmişler ftpdeki yabancı dosyalara bakın ...php şeklinde uzantıları olur genelde ftp içinde publice girmeden işlem yaparlar.
FTP'de yabancı hiç bir şey yoktu hocam. Paylaşımlı host olduğu için shellden diğer sitelere sızabilirler diye biliyorum büyük ihtimal öyle oldu. Ama sitede fckeditor açığı aranmış belli.