İlk olarak tümünü seçmesi için kullandığınız checkbox'lara class atayın, çünkü ID'ler eşsiz olduğundan; jQuery sadece ilk bulduğu obje'yi yakalıyor. Böyle oluncada sadece ilk checkbox'a tıklandığında çalışıyor metodunuz.

checkbox'ları şu şekilde güncelleyin

<input type="checkbox" value="all" class="chk-all" />

jquery kısmıda şu şekilde olmalı

$(function () {
  $('.chk-all').click(function(){
    var checked = this.checked;
    $(this).closest('table').find('.chk-row').each(function(){
      $(this).prop('checked', checked);
    });
  });
});

örnek