Sorunu daha detaylı tespit etmek için sitedeki veritabanı yedeğini alıp veritabanını silin.Düzelme görülüyorsa mevcut veritabanında bir problem olacaktır.

Aynı zamanda ssh den top komutunu girin mysql yüksek değerler gözüküyor mu onada bir bakın.Eğer yüksek değerlerle karşılaşıyorsanız sorununuz tamamiyle veritabanı ile alakalıdır.