Çözümü oldukça basit, all in seo pack uygulamasını iptal etmenizede gerek yok. Ayarlar > Kalıcı Bağlantılar içerisinde custom structure kullanın. ( /%category%/%postname%/ )

Ardından webmaster tools'a login olarak, sitemap dosyasınızı tekrar gönderin. Kaldırmak istediğiniz dizin adreslerini ve sayfalarınıda seçerek mevcut indekslerden kaldırabilirsiniz. 1 hafta içerisinde indeks sayınıza bağlı olarak tüm yeni URL yapınız indekslerde yer almış olacaktır. Ek olarak uzun URL yapısı yerine /%postname%/ html olarak kaydetmenizi tavsiye ederim.

Şayet bahsettiğiniz bir yazı içerisinde sayfalama ise galeri gibi,

1.alternatif - Tüm sayfaları yazının ana URL adresine canonical olarak gösterin.
2.alternatif - Next Prev tagını kullanın.
3.alternatif - /sayfa yolunu robots.txt'den yasaklayın. Ana yazı URL'sinde sayfa=id geçmiyorsa.