Bunun filezilla ile alakası yok, ftp sunucunuzun ayarlarından kaynaklanıyor,
/etc/pure-ftpd.conf dosyasını açıp LimitRecursion 10000 8 olan yeri değiştirin.
Alıntı
# 'ls' recursion limits. The first argument is the maximum number of
# files to be displayed. The second one is the max subdirectories depth
LimitRecursion 90000 8
veya cpanel kullanıyorsanız pure-ftp yerine proftp kullanın.