http://numeraljs.com/

function hesapla() {
  toplam = 0;
  $('table#example .secili').each(function(){
    var ucret = parseInt($(this).find('td').eq(3).html()) * parseInt($(this).find('td').eq(4).find('input').val());
 
    toplam = toplam + ucret;
    var nm = numeral(toplam).format('0,0');
     
  });

   
  alert(nm);
}

Hangi format türünü kullanmak istiyorsanız verdiğim siteden bakıp format() kısmını değiştirmeniz yeterli. Numeral.js'i dahil etmeyi unutmayın.